Dependen de la Dirección General de Planificación y Gestión Educativa las siguientes subdirecciones generales:
- Subdirección General de Cooperación Internacional y Promoción Exterior Educativa
- Titular: Andrés Contreras Serrano
- Subdirección General de Becas, Ayudas al Estudio y Promoción Educativa
- Titular: Amalia Gómez Rodríguez
- Subdirección General de Programación, Gestión y Control del Fondo Social Europeo en el Ámbito Educativo
- Titular: Susana Climent del Castillo