Dependen de la Dirección General de Evaluación y Cooperación Territorial las siguientes subdirecciones generales:
- Subdirección General de Cooperación Territorial
- Titular: Mariano Labarta Aizpún
- Subdirección General de Ordenación Académica
- Titular: Montserrat Grañeras Pastrana
- Subdirección General de Inspección
- Titular: Elías Ramírez Aisa
- Centro Nacional de Innovación e Investigación Educativa
- Titular: Nuria Manzano Soto
- Instituto Nacional de Evaluación Educativa (INEE)Salto de línea
- Titular: Carmen Tovar Sánchez
- Instituto Nacional de Tecnologías Educativas y de Formación del Profesorado (INTEF)Salto de línea
- Titular: Carlos Javier Medina Bravo