Dependen de la Dirección General de Formación Profesional las siguientes subdirecciones generales:
- Subdirección General de Ordenación e Innovación de la Formación Profesional
- Titular: Domingo Antón Rodríguez Agulleiro
- Subdirección General de Orientación y Aprendizaje a lo largo de la vida
- Titular: Mª. Asunción Manzanares Moya
- Instituto Nacional de las Cualificaciones
- Titular: Mariano Carballo Fernández